答：实务中，当事人通过补充合同以变更建设工程施工合同中纠纷解决方式的现象较为常见。我们认为，通过补充合同变更主合同的纠纷解决方式的约定是有效的。

在建设工程领域，当事人往往就同一建设工程项目签订“黑白合同”以达到逃避各级建设主管部门监管、不缴或者少缴税款、在建设工程招标投标中取得竞争优势等不正当目的。《招标投标法》第四十五条第二款规定:“中标通知书对招标人和中标人具有法律效力。中标通知书发出后，招标人改变中标结果的，或者中标人放弃中标项目的，应当依法承担法律责任。”因此，中标合同不应再进行实质性内容的变更。

而何为“实质性变更”?最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第二条第一款规定：“招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。”

由此可知，建设工程的工程范围、建设工期、工程质量和工程价款等内容属于建设工程合同的实质性内容，而纠纷解决方式的变更并非内容的实质性变更。此外，《民法典》第五百四十三条规定:“当事人协商一致，可以变更合同。”因此可知，当事人另行签订补充合同以变更纠纷解决方式属于当事人意思自治的范畴，该变更约定有效。

答：甲乙双方未经法定招标投标程序签订《建设工程施工合同》约定乙公司承建涉案工程，甲公司未按约支付进度款，合同履行过程中，双方签订《补充协议》，载明乙公司完成工程量价款 2000 万元，甲公司应于 3 个月内支付价款并支付利息至实际支付价款之日。后甲公司未支付款项导致本案诉讼。甲公司抗辩因主合同无效，补充协议也应无效。

有一种观点认为，依据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第一条，建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当依据《民法典》第一百五十三条第一款的规定，认定无效：(1)承包人未取得建筑业企业资质或者超越资质等级的；(2)没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；(3)建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。因为承发包双方签订的《建设工程施工合同》因违反招标投标法律的强制性规定而无效，当事人在施工合同履行过程中作为主合同的补充协议当然无效。

我们认为，应该综合分析协议内容所反映出来的当事人之间权利义务关系性质及与施工合同之间的法律关系，并不应以是否冠以“补充协议”称谓而简单认定二者主从关系。

如果协议内容属于承发包双方对既存债权债务关系清理，则具有独立性，根据为《民法典》第五百六十七条的规定“合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清理条款的效力”。且从诚实信用原则出发，不当扩大合同无效后果边界亦易导致当事人利益失衡。因此，《补充协议》不因《建设工程施工合同》无效而必然无效。